知識產權海關保護，指海關依法禁止侵犯知識產權的貨物進出口的措施。在世界貿易組織《與貿易有關的知識產權協議》（Agreement on Trade-Related Aspects of Intellectual Property Rights— TRIPS）中被稱為知識產權的邊境措施(Border measures)。
根據中華人民共和國國務院頒布的《中華人民共和國知識產權海關保護條例》第二條的規定，我國海關保護的知識產權應當是與進出口貨物有關并受中華人民共和國法律、行政法規保護的商標專用權、著作權和與著作權有關的權利、專利權。此外，根據《奧林匹克標志保護條例》和《世界世界博覽會標志保護條例》的規定，我國海關也應當對奧林匹克標志和世界博覽會標志實施保護。
中國海關對知識產權的保護可以劃分為“依申請保護”和“依職權保護”兩種模式：
依申請保護，是指知識產權權利人發現侵權嫌疑貨物即將進出口時，根據《知識產權海關保護條例》第十二、十三和十四條的規定向海關提出采取保護措施的申請，由海關對侵權嫌疑貨物實施扣留的措施。由于海關對依申請扣留的侵權嫌疑貨物不進行調查，知識產權權利人需要就有關侵權糾紛向人民法院起訴，所以依申請保護也被稱作海關對知識產權的“被動保護”模式。
依職權保護，是指海關在監管過程中發現進出口貨物有侵犯在海關總署備案的知識產權的嫌疑時，根據《知識產權海關保護條例》第十六條的規定，主動中止貨物的通關程序并通知有關知識產權權利人，并根據知識產權權利人的申請對侵權嫌疑貨物實施扣留的措施（“依職權”一詞源于《與貿易有關的知識產權協議》中的ex-officio）。由于海關依職權扣留侵權嫌疑貨物屬于主動采取制止侵權貨物進出口，而且海關還有權對貨物的侵權狀況進行調查和對有關當事人進行處罰，所以依職權保護也被稱作海關對知識產權的 “主動保護”模式。
知識產權權利人向海關申請采取依職權保護措施前，應當按照《知識產權海關保護條例》第七條的規定，將其知識產權及其他有關情況向海關總署進行備案。受理知識產權備案申請的部門是：海關總署政策法規司知識產權保護處。